1、接触过程要保证充分
臭氧虽然具有很强的灭菌效果，但它的穿透性还不是十分强烈，所以充分接触是臭氧灭菌的首要条件。如果没有一种很好的设备能保障粉料和臭氧充分接触(混合)，就不能保证臭氧灭菌的均匀性，甚至会出现灭菌死角，难以保证粉料的灭菌效果。
2、保持适当的浓度
臭氧的氧化性使之具有较强的灭菌效果，但事物具有两面性，强氧化性又会对易于氧化的物品有破坏，有些粉料含有易氧化的成分，如蒽醌类、熊果酸等，如果浓度太高就会对他们破坏严重；但因为粉料的微生物含量一般都比较高，如此高的微生物含量用一般的臭氧发生器浓度是奈何不了的。所以既能有效灭菌又不严重破坏有效成分，就必然对臭氧发生器浓度的选用提升到了非常高的要求。
3、时间要适宜
臭氧发生器灭菌是一个化学过程，它需要一定的反应时间，理论上讲在浓度适当的前提下，延长灭菌时间有助于提高臭氧效率；但臭氧发生器灭菌的同时也是和易氧化成分发生氧化反应的过程，臭氧和粉料的接触时间越短，对粉料的化学成分破坏越小，这就对灭菌时间控制提出了较高的要求。只有结合适当的浓度，经过多次的实验来确定合理的灭菌时间，否则会对粉料的化学成分有较大的破坏，影响药品的疗效。
4、臭氧纯度要保证
由于臭氧发生器制备技术和气源处理技术原因，传统的臭氧发生器会产生部分有毒的氮氧化物，氮氧化物会和粉料中的某些化学成分反应，形成亚硝酸盐、硝酸盐等有害物质。所以用于粉料灭菌的臭氧发生器要严肃对待，气源要进行严格的处理。
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